Если ничего не помогает...
Вы можете использовать программы, которые отслеживают все изменения в системе во время установки приложений и создают свой установочный пакет, который включает все изменения файлов и ветвей реестра. Примеры таких программ:
Eще одно полезное приложение - . С его помощью можно создать скрипты, эмулирующие действия пользователя при "нормальной" установке приложения. Подробнее можно почитать в статье . Kоллекции AutoIt скриптов на и .